Administré par un conseil d’orientation, le centre est dirigé par un directeur. Il est doté d’un conseil scientifique et est organisé en trois départementset sept services.

Département de pharmacovigilance et de materiovigilance avec :

 - Un service de surveillance et d’enquête des effets indésirables.

 - Un service de communication.

 - Un service de formation medicale continue.

Département de la documentation comprenant :

 - Une bibliothèque.

 - Un service de l’information.

Département de l’administration des moyens comprenant :

 - Un service des ressources humaines.

 - Un service des ressources materielles.